Moi, je suis très peu surpris qu'on ne trouve pas de différences significatives en terme de résultats selon les différentes méthodes ou manuels. J'avais déjà rendu un rapport à mon inspection il y a plus de dix ans qui expliquait tout ça, mais évidemment sans caution universitaire... Simple approche rhétorique et logique.
En fait, ils sont tous à peu près aussi médiocres, ces manuels. Le rapport Goigoux, plutôt que de mettre un terme à la querelle entre les tenants des diverses approches, aurait du conclure que si rien de sort du lot c'est bien que tout est mauvais... Ou alors tout est bon, puisque tout est pareil!!!! Mais on s'en serait aperçu non???
La réponse est pourtant simple, aucune méthode ne prend soin d'expliquer ce qu'est la procédure de décodage. Toutes ne font que parcourir, selon des progressions séquentielles et empiriques, l'ensemble des données graphoponémiques selon un mode cumulatif, sans différenciation réelle et en étalant beaucoup d'activités chronophages à faible rendement (discrimination auditive, habiletés phonologiques douteuses parce que ne débouchant pas sur des règles mais seulement sur des habitudes ou une vague sensibilisation...). Ceux qui n'utilisent pas de manuels, font souvent à peu près la même chose mais en utilisant des supports autoproduits et en se laissant davantage de liberté dans l'étude des textes. Ils explorent des champs culturels différents, mais au fond consacrent autant de place à des activités improductives.
Continuons donc à débattre sur des pratiques inefficaces mais tellement bien ancrées dans les mentalités qu'on n'est plus capable aujourd'hui d'essayer de penser autrement. La grande majorité des pédagogues réels (actifs) ou proclamés (observateurs, autiorités), perpétue la belle tradition de la pédagogie déterministe par laquelle on croit qu'il suffit d'enchaîner de belles séquences avec des objectifs ponctuels clairement définis et calibrés dans la jolie progression affichée sur le mur du fond, pour assurer à chacun une acquisition pas à pas sans faille... Comme disent les jeuns, mdr et ptdr!!!! Continuez donc à utiliser ces méthodes qui vous entraînent inexorablement aux antipodes de la différenciation en excluant de fait toute possibilité de laisser le temps nécessaire à chacun pour enregistrer, interpréter et utiliser correctement les données que diffusent l'enseignant bien intentionné, mais fort peu lucide.
Pour illustrer ma défiance envers ces méthodes, essayons de transposer l'organisation des apprentissages
à un sport. Tiens, le football par exemple. Alors cela donnerait : on fait des touches la première semaine (c'est pas trop dur, c'est à la main! Et en plus on peut tout de suite définir les limites du terrain). La deuxième semaine, on fait des passes du pied droit. La troisième, du pied gauche (ouf c'est dur... on doublera cette séance). La cinquième, des têtes... Et ainsi de suite jusqu'à la fin de l'année, s'il reste encore des joueurs qui acceptent cette planification inepte. Et croyez-vous vraiment qu'un apprenti footballeur réussirait à maîtriser son sport ainsi... Imaginez-donc maintenant ce que peut endurer un enfant qui na pas embarqué dans le train de la méthode de lecture et à qui on demande vainement de sauter sur chaque wagon en marche passant chaque jour devant lui. Il perd l'essentiel de son temps et de son enthousiasme. (Je ne sais plus quel auteur avait écrit sur ce site qu'un enfant de CP ne passait véritablement que sept petites minutes par jour à faire de la lecture).
Mais à l'école, il semblerait que les pédagogues se soient mis d'accord pour que cette façon de penser l'apprentissage soit la norme.  

Y a-t-il des pratiques efficaces? Oui heureusement. Au milieu de tout cela, il y a bien des activités qui aident les enfants à progresser sans être dispendieuses en argent comme en temps. Et je sais que beaucoup d'enseignants de CP les ont repérées et les emploient sans réellement s'occuper de savoir si leur manuel les préconise vraiment. Donc, il s'en sortent plus ou moins bien, peu importe le manuel - il l'outrepassent le plus souvent - , selon leur engagement, leur charisme, leur effectif et tant d'autres variables.
Oui, ils travaillent le code et cela finit par payer. Je peux bêcher mon jardin avec une fourchette. C'est possible aussi... mais ça prendra du temps. Le problème est alors qu'il ne reste que peu de temps et surtout d'énergie aux enfants pour se consacrer à la compréhension. Dommage. D'autant plus que paf, l'institution revient à la charge avec ses méthodes éculées d'organisation saucissonnée des notions : une progression de compréhension, des séquences dédiées à la compréhension, des objectifs ponctuels et communs à tous. 
Mais avez-vous déjà eu besoin d'expliquer ce qu'était la compréhension de l'oral ou de l'écrit à un enfant " de milieu favorisé". Non, il comprend à peu près tout. Bon je ne dis pas qu'il ne faille l'éclairer sur certains sujets (la ponctuation, l'organisation des écrits...), mais globalement, pas de problèmes. Il faut alors se demander si ces enfants de "bonnes familles" ont eu la chance de recevoir, à domicile, un enseignement spécifique et personnalisé par l'intermédiaire de manuels scolaires bien pensés. Re mdr et ptdr.
La compréhension se construit avant tout par la culture, cela prend du temps (mais c'est gérable, puisque les "bonnes familles" y parviennent  et ce, sans se poser de questions pédagogiques) et ne se quantifie pas en emploi du temps et en volumes horaires serrés, cela ne nécessite pas forcément d'objectif ponctuel, de cahiers, de fichiers, de notes et de commentaires ou d'affichages ostentatoires. Cela ne se décrète pas, cela se vit. Arrêtons donc de demander des justificatifs d'acquisition à chaque heure de cours. Holà, mais je m'écarte de la lecture. Non! Arrêtons aussi de construire des méthodes (pseudométhodes) basées sur ce type de déterminisme si éloigné de la réalité d'un groupe d'élève hétérogène qui font perdre beaucoup de temps  à tout le monde juste pour remplir des cahiers que l'on jettera à la poubelle six mois plus tard.